Наукова
Сьогодні природний заповідник "Медобори" є осередком та основним полігоном для багаторічних моніторингових досліджень на Тернопіллі. Тут розгорнуто дослідження стану екосистем та їх динаміки, ведеться розробка необхідних режимів їх збереження. Актуальним є також питання оптимізації території заповідника з метою підвищення цого регіональної репрезентативності. Ведуться моніторингові дослідження за програмою Літопису природи. На 69 постійних пробних площах проводиться комплекс лісознавчих досліджень з питань стану та динаміки насаджень різних типів лісу з охопленням різних вікових стадій. На 35 постійних ботанічних пробних площах здійснюються дослідження флори, рослинності, стану та динаміки популяцій регіональнорідкісниих та червонокнижних видів, на основі чого розробляються рекомендації щодо режимів їх збереження. Фенологічні спостереження ведуться на двох маршрутах. Здійснення моніторингу за тваринами здійснюєься на 7 теріологічних стаціонарах, 7 маршрутах по обліку хутрових і копитних, 6 орнітологічних та 2 герпетологічних маршрутах, що дає можливість накопичувати інформацію про чисельнісь та стан популяцй тварин у біоценозах, вести ціленаправлені спостереження за чисельністю та біологією рідкісних та зникаючих видів.
Основною формою узагальнення результатів наукових досліджень та спостережень за станом і змінами природних комплексів у заповіднику є "Літопис природи", 18 книг якого підготовлено за час його існування. Зібрані в них матеріали спостережень і досліджень узагальнені та використані в офіційних документах про стан природного середовища регіону, в монографіях "Букові ліси західного Поділля" (2004), "Стратегія і тактика природоохоронної діяльності лісового заповідника" (2006), у більше як в 150 публікаціях на сторінках фахових наукових видань, збірників науково-практичних конференцій. Заповідником проведено наукові конференції: "Проблеми становлення і функціонування новостворених заповідників", 1995, "Медобори і духовна культура давніх, середньовічних слов’ян", 1998, "Роль природно-заповідних територій Західного Поділля та Юри Ойцовської у збереженні біологічного та ландшафтного різноманіття", 2003, "Охорона і менеджмент об’єктів неживої природи на заповідних територіях", 2008.
Для вирішення наукових і науково-технічних проблем створена науково-технічна рада, до складу якої входять провідні науковці зацікавлених наукових і навчальних установ та фахівці з числа працівників ПЗ.